根据国务院领导关于重大专项审计调查整改工作的系列重要批示精神和科技部、发展改革委和财政部统一部署，为做好整改工作，水体污染控制与治理科技重大专项高度重视，专项领导小组组长、环境保护部周生贤部长明确要求“要认真整改，还要举一反三，态度要坚决，力度要大”，专项第一行政责任人、环境保护部吴晓青副部长要求“抓紧整改、限期整改，把整改方案落实，整改措施做实，对存在的问题决不姑息”，专项第一行政责任人、住房城乡建设部仇保兴副部长要求“对审计问题要引以为鉴，举一反三，进一步完善水专项管理办法”。专项牵头组织部门会同总体组，认真研究，及时制定了整改工作方案，明确了整改工作的指导思想和目标，确定了工作步骤和时间安排，提出了切实可操作的整改措施。

　　一是完善立项机制，提高立项质量。针对立项过程中存在的问题，水污染治理专项在顶层设计上，进一步调整“十二五”实施计划总体思路，按照流域进行任务的顶层设计优化，进一步明确各流域“十二五”目标和各年度课题任务设置的关联关系。在2013年度计划安排上，从严控制、大力收缩，在确保专项和主题目标实现的同时，按照聚焦重点流域，强化标志性成果产出，先验收后立项，避免交叉重复立项等原则，优中选优。在立项过程上，原则上，全部都通过公开择优的方式确定课题承担单位，将逐步推行课题视频评审和网络评审，对课题实施方案进行严密、细致的论证。在任务分解上，课题下不再设子子课题、专题等，减少研究层级，明确规定课题承担单位和参与单位原则上不超过5家，避免课题的小、散。

　　二是提高项目管理水平，确保专项实施进度。针对组织管理不够规范，不利于保证实施进度的问题，水污染治理专项在管理制度上，将尽快修改完善《水体污染控制与治理科技重大专项实施管理办法（试行）》，制订《水体污染控制与治理科技重大专项立项管理办法》，明确工作职责、工作机制以及立项的程序和要求。在合同审查上，将建立四级合同审查机制。实行地方水专项办公室、主题专家组、总体专家组、水专项管理办公室四级审查程序，明确各个审查环节的审查要求和时间节点。在专家队伍管理上，起草了《水体污染控制与治理科技重大专项专家选聘、考核、调整和换届工作细则》（征求意见稿），计划对专家组进行充实调整，加强对专家组的考核。

　　三是严格成果和经费管理，发挥专项最大效益。针对成果和经费管理不够严格，不利于发挥最大效益的问题，水污染治理专项在成果审查上，对于“多头交账”成果，给予不良信用记录，取消该主持人三年内其承担水专项课题的资格和该单位一年内承担水专项任务的资格，对于专项实施成果，需提供第三方评价意见。在经费管理上，将尽快制订发布《水体污染控制与治理科技重大专项经费管理细则》，规范、细化预算调整和经费监管等内容，完善内部控制和监督制约机制，加强预算管理培训，规范专项资金的管理和使用。在监督检查上，切实落实中期评估和年度监督检查工作，加强对承担单位的考核，委托环保部督查中心对重点流域示范工程开展专项检查，委托地方水专项管理办公室开展结题课题示范工程第三方评估，确保地方配套工程和资金的落实。

　　为做好审计整改工作，水污染治理专项将加强领导，明确责任，完善制度，强化管理。针对审计调查中涉及的课题承担单位和课题，一是动态调整，对于责任不落实、实施不力的课题承担人和承担单位坚决予以调整；二是积极协助调查，积极配合相关部门做好后续调查和处理工作；三是限期整改，约谈单位相关负责人，采用通报、黄牌警告、停止课题等方式限期整改。要通过开展审计调查整改活动，进一步建立健全相关制度，规范资金管理，增强项目管理能力，提高专项资金使用绩效。