根据山西省财政厅与省环保厅共同修订的《关于完善地表水跨界断面水质考核生态补偿机制的通知》，山西省财政将对省环保厅考核的水质断面不达标的市（县）扣缴生态补偿金、水质改善明显的市（县）进行奖励，以此促进全省水环境质量持续改善。

　　对水质不达标的市（县）扣缴生态补偿金。考核断面的化学需氧量、氨氮监测浓度均不超过考核标准，不扣缴生态补偿金；超过考核标准50%及以下、50%至100%（含）、超过1倍至5倍（含）、超过5倍至10倍（含）、超过10倍以上的，分50万元—300万元五档扣缴生态补偿金。同一市（县）范围内，所有考核断面生态补偿金按月累计扣缴。

　　对水质达标或改善的给予生态补偿奖励。在无入境河流时所考核断面COD、氨氮的实测浓度值与考核目标相比保持或改善的断面给予奖励。保持水质目标奖励：连续三月水质保持考核目标的，奖励10万元；全年水质保持考核目标的奖励100万元。水质改善奖励：当月比上年同期实现水质改善时给予奖励，由不达标到达标奖励100万元、达标后跨级别奖励50万元、三类水以上跨一级别奖励20万元，同一断面累计奖励。

　　生态补偿金的扣缴程序：省环保厅负责核定各断面每月水质和扣缴补偿金数额或奖励资金数额，年终由省环保厅督促有关市和扩权强县试点县上缴生态补偿金，仍不能上解的，由省财政年终结算时统一扣缴。

　　山西财政下达的奖励资金和扣缴的生态补偿金全部用于跨流域水污染综合整治，考核断面水质监测补助、考核断面水质自动监测站建设和运行补助。