《规划》提出，“十三五”深圳以改善环境质量为核心，全力打好大气、水、土壤三大污染防治攻坚战。其中在水环境质量方面，重点推进河流综合整治，到2017年，基本消除建成区黑臭水体；到2020年，全部消除建成区黑臭水体。

　　《规划》提出八项举措改善水环境质量：一是保障饮用水水源安全。二是推进河流综合整治。坚持“水系入手、截污为先、方式多样、综合治理”的系统治污思路，兼顾防洪达标、水污染治理和生态景观建设等多方面的要求，对水环境实施分流域、分区域、分阶段科学治理，全面推进精准治污。到2020年，全市整治河流144条，整治长度552公里。加强跨界河流污染防治，加快黑臭水体治理。到2017年，基本消除建成区黑臭水体；到2020年，全部消除建成区黑臭水体。三是推进湾区水环境改善，到2020年，入海（湾）河流基本消除劣Ⅴ类水体。四是开展地下水污染防治，确保全市地下水环境质量保持稳定。五是加快污水管网建设，到2017年，建成区污水基本实现全收集、全处理；到2020年，新建污水管网4260公里以上，基本建成路径完整、接驳顺畅、运转高效的污水收集系统。六是完善污水处理设施，探索集约节约用地模式，高标准规划建设环境友好型污水处理厂，续建福田污水处理厂，新建沙湖、东冲、坝光污水处理厂和洪湖、宝龙水质净化厂、樟杭径污水生态处理工程，扩建南山、沙井、坂雪岗等12座污水处理设施。到 2020年全市污水处理能力达到683万吨/日，城市污水集中处理率达到98%以上。七是加强城市面源污染治理，清理地表水体流域内非法养殖和非法农家乐。加强垃圾、粪渣等城市面源污染物收集、运输、处理处置全流程整治，大幅度削减入河入湾面源污染。全面清理饮用水源保护区内的违法种植养殖、违法搭建、地下作坊、暴露垃圾等，最大程度削减入库污染负荷。关闭或搬迁禁养区内的畜禽养殖场，加快推进规模化畜禽养殖场标准化改造和处理设施提标。严格控制农业用水总量，实施化肥、农药零增长行动。八是完善水环境质量管理机制，全面开展全市及各重点流域水污染源调查，编制实施深圳河等跨界河流流域达标方案，定期或不定期对水环境目标落实情况及治污效果进行评估，全面推行排污许可证制度，研究创新污水付费模式，将黑臭水体治理、污水管网建设、污水处理厂提标改造、跨界河流达标等纳入生态文明建设考核重要内容。