我国以化肥的粗放式投入和高污染为特征的农业生产方式所引起的面源污染对水环境形成的压力，是与我国长期以来片面追求GDP增长和城乡二元结构的发展方式密切关联的。基于水环境保护的农业发展方式转变，一方面是通过农业科技的进步提高化肥的利用率，比如测土配方施肥；另一方面是通过农业种植产业结构的调整发展无污染的生态环保农业。就此而言，农业发展方式转变与农村水环境保护具有一致的技术性含义。

　　然而，高密度化肥投入的农业生产方式只是农村水环境污染的直接来源，城乡二元结构的发展方式才是关系农村水环境问题的根本原因，城市、相关工业企业和国家都应对农村水环境保护担负起应有的责任，在注重经济增长的同时，必须从各个方面加快城乡一体化建设的投入与补偿，千方百计加快农村发展和提高农民的福利水平，包括增加农村水环境公共产品的投入；同时通过农业农村发展方式的根本转变拓展农民增收的渠道，丰富农民生活质量的内涵；从而有望最终通过农村内部和农民自身所释放的“能量”，促进农业农村发展与水环境从相互背离逐步走向相互协调的轨道。