究其根本，地方政府因保护“行政区经济”利益牺牲流域水环境为代价，是导致我国跨界水污染问题愈演愈烈的主因。而由于地方分割、部门分割所引发的流域治理碎片化，则是造成我国跨界水污染治理效果不彰的症结所在。因此，跨界水污染治理实质是一个府际治理问题，其中交织着中央政府与地方政府间、地方政府上下级间、横向地方政府间、部门政府间以及政府与非政府力量间的多重利益博弈关系。

　　在市场经济和法治环境下，建立起跨界水污染治理中的府际协作机制具有重要意义，有助于形成利益兼容的激励机制与责任共担的约束机制。具体包括以下四个方面。

　　首先，中央或高层政府必须把跨界水污染防治成效作为核心指标，纳入地方政府官员的政绩评价体系，以鼓励和推动地方政府在跨界水污染防治上的切实合作。由于当前的政绩评价取向存在过分强调GDP等经济硬指标的“形式政绩”而忽视环境质量等“实质政绩”，注重单个行政辖区的政绩考核而缺乏通盘考虑等问题，地方政府出于地方利益最大化的“理性选择”和“搭便车”的趋利避害心理，必然采取GDP崇拜的竞争策略，而对于跨界水污染治理问题则缺乏动力。

　　换言之，当面临形式政绩的追求与跨界水污染合作治理时，地方政府官员为了任期政绩普遍会作出不合作或中断合作的选择。因此，将水污染防治等环保指标纳入政府绩效考核体系的核心指标中，以构建合理的任期目标责任考核制度。同时，政绩考核范围和指向不能仅限于单个行政区，还应考虑对周围行政区的贡献和损失，以此形成“一损俱损，一荣共荣”的利益相关者发展价值取向，从而确保地方政府官员持续关注跨界水污染治理问题。

　　其次，完善我国流域内区际政府间的利益补偿机制，通过利益交换实现地方政府间发展权利的平衡。当经济发展到一定阶段后，流域内地方政府间围绕先发与后发、产业结构布局、经济发展与环境保护等，展开了公开乃至白热化的利益博弈与竞争。从这个角度看，跨界水污染问题实际上反映了流域内区际政府间因发展权利失衡而导致的府际冲突。因此，让流域内地方政府回归到理性利益博弈的轨道，必须总结既有经验，进一步完善区际政府间的利益补偿机制：一是流域生态价值评估机制。市场经济条件下，流域的区际补偿应当尽可能地以流域生态价值为依据，加强对流域生态进行实物和价值两方面的核算，并将其纳入国民经济核算体系，通过对GDP的修正，为流域生态区际补偿提供理论基础。二是水环境保护的财政激励机制。可由中央或高层政府统筹安排，根据各地区的生态保护优劣来安排财政激励政策。向所有用水单位、企业、个人征收合理性的水资源保护费，并对水质保护和水质改善成就突出的地区给予财政奖励。三是横向财政转移支付的生态补偿机制。由流域内下游政府及直接受益的相关地方政府，通过省际间横向转移支付或省内、市际间的横向转移支付方式，建立区域生态补偿专项基金，用于补偿上游政府的区域水资源使用权、生态林业用地使用权、限制传统工业发展权益等方面的损失以及生态工程管护、自然保护区管护等费用。四是生态补偿基金营运机制。补偿基金的营运包括补偿基金的筹集、转移支付方式、基金的使用等内容。就基金筹集而言，应改变地方财政收入的单一筹资渠道，可考虑建立统一的生态环境补偿税以消除部门交叉、重叠收费现象。同时建立有社会各界、受益各方参与的多元化、多层次、多渠道的生态环境基金投融资体系。而补偿基金的确定，可根据当地人口、GDP总值、财政规模等因素综合确定一个拨付比例，并保证补偿基金能够不断按照这一比例得到及时补充。

　　再次，建立和落实对跨界水污染事故中地方政府一把手的政治问责机制，加大对跨界水环境污染的行政监察和责任追究力度。改革对流域政府的政绩评价导向，完善流域政府间的利益补偿机制等侧重于对跨界水污染的预防和治理，但缺少对水污染事故发生后的问责和责任追究。建立和落实跨界水污染治理的事后惩戒机制，一方面要严格落实地方党政一把手对地方环境质量负总责的制度，并对相关职能部门的负责人启动行政问责。另一方面，在完善下游生态受益区对上游生态贡献区的经济补偿机制的同时，要建立跨界水污染的赔偿机制。上游区域在经济发展过程中对下游区域造成污染，致使下游区域饮用水、农作物、土壤受污染时，应当由上游地区政府或排污企业承担经济赔偿的责任。

　　最后，构筑跨界水污染治理中政府间伙伴关系的压力传导机制，促使跨界水污染问题尽快转化为政策议题。传统上，缺少一套政府间伙伴关系的压力传导机制，从而难以使跨界污染问题上升为流域政府的迫切政策议题，也是跨界水污染产生的重要原因。鉴于此，应该在上级政府这个单一压力源之外，构筑一个涵盖政府、人大、政协、媒体、非政府组织、企业、公民等多方主体参与的压力传导机制。这有利于关注跨界水污染的各种呼求通过不同途径得以释放，转而向涉污各方政府施加更多、更大的压力，并最终达成务必解决的政策议题，使日益严峻的跨界水污染问题得到真正重视和解决。